税收经济效率的含义是指既定税收收入下的超额负担最小化和额外收益最大化。所谓税收超额负担，是指征税引起市场相对价格的改变，干扰私人部门选择，进而导致市场机制扭曲变形而产生的经济福利损失。由于征税不可避免，税收超额负担在多数情况下也不可避免，因此，如何使税收超额负担最小化就成为提高税收经济效率的基本思路。同时，矫正性税收的开征，也可消除或减少外部效应，使市场机制恢复效率，产生额外收益，也成为以提高税收经济效率为目标的税制设计应予以关注的问题。
既然税收超额负担影响经济效率，那么，它是如何产生的呢？
征税会产生两种效应：一是收入效应，二是替代效应。收入效应是因征税使纳税人的购买力减少，但不改变商品（或经济活动）的相对价格而产生的效应。收入效应仅说明资源从纳税人转移给政府，不发生超额负担，也不导致经济无效率。替代效应是当税收影响商品（或经济活动）的相对价格时，导致纳税人以一种商品或经济行为替代另一种商品或经济行为而产生的效应。替代效应的结果是使纳税人的福利水平降低，这种福利损失是扣除政府税收后的净损失，所以是税收的超额负担。
下面用图2-1来说明税收的收入效应、替代效应以及超额负担的形成。
如图2-1所示，横轴表示产品X的数量，纵轴表示产品Y的数量。消费者税前的预算约束线是AB。预算约束线的斜率反映X和Y的价格比，所以AB也为价格线，Px/Py=OB/OA，I1、I2、I3是不同的无差异曲线，用来衡量消费者的福利水平，每条曲线都是X和Y的各种组合的点的轨迹，同一条曲线上的点给消费者带来的福利水平是相同的，曲线越是远离原点，则表示福利水平越高。
消费者为了获得最大的满足，他就应该在现有的预算约束下选择某种X与Y的组合，使之能达到最高的无差异曲线，即实现均衡。均衡点应为预算线与无差异曲线的切点。图中未征税前，均衡点为E1点。在该点生产的边际转换率MRT（由价格线斜率表示）等于消费的边际替代率MRS（由无差异曲线切线斜率表示），表示满足资源最优配置的条件。
图2-1 税收的收入效应和替代效应
如果政府征收一般消费税，即对商品X和Y按同样税率征税，税率为AA′/OA=BB′/OB，则预算线平移至B′A′，新的均衡点在E2点，福利水平降为I2。由于X和Y的相对价格未变，消费者在两种产品之间的选择偏好亦未变，只同时减少两种商品的消费，这反映出的是税收的收入效应。此时，MRS=MRT，仍满足效率条件，福利由I1下降到I2的差额部分由政府税收收益弥补，故不产生超额负担。征收人头税或所得税时也会产生同样的情况。
如果征收选择性消费税，只对商品X征税，情况将有很大不同。假定税率为AF/OA，预算线变为BF，斜率改变。预算线之所以绕B点旋转是因为不需缴税的Y商品价格未变，消费者原有收入能买到Y商品的最大量仍为OB，预算线斜率增大，说明X商品由于税收的原因价格上升。新的均衡点位于E3，其福利水平为I3。此时MRT不再等于MRS，效率条件被破坏。税收引起的这种福利水平的变化既包含了收入效应（消费者的收入减少了），又包含了替代效应（两种商品的相对价格发生了变化）。图中E3点是B′A′线和BF线的交点，说明E3和E2代表的税后收入相同。E2反映了收入效应发生作用的结果，但过E3的无差异曲线I3低于过E2的无差异曲线I2、I3和I2之间的差距就是替代效应发生作用的结果。这部分福利损失不能由政府税收收益来弥补，是税收的超额负担。
可见，税收的替代效应产生超额负担，避免或降低超额负担的途径就是要遵循税收中性原则。所谓税收中性原则，是指税制应不影响市场中的各相对价格，进而保证生产者和消费者纳税前后经济行为的一致性。税收的经济效率主要着眼于超额负担的最小化，就这一点来看，税收经济效率与税收中性是一致的。但由于经济系统的复杂性，除了一次总付税（人头税）外，其他税种都可能产生超额负担。在实践中，一个国家的税制又必须存在一次总付税以外的其他税种，所以现实中的税制只能是尽可能地接近中性，以减少税收超额负担带来的效率损失。此外，在市场配置资源失灵的领域，如果税收能有效矫正市场失灵，这时税收非中性即税收调节就会产生额外收益，在这种情况下，税收经济效率与税收非中性也是一致的。
税收中性与税收调节的关系可简单归纳如下。
（1）在个别税种上，从效率角度来看，如果实行税收中性有利，则排斥税收调节。从整个税制上说，税收中性与税收调节并不是矛盾的，而是相辅相成的。这是因为，即使是市场机制发达的国家，也存在市场失灵的领域，税收调节矫正这种失灵和缺陷是政府可选择的手段之一。所以，在市场有效和失灵的各自领域，税收中性与税收调节可以并存，统一于整体税制之中。
（2）税收中性与税收调节服务的目标与作用的层次有所不同。税收中性着眼于资源配置，主要服务于微观效率目标，而税收调节既与资源配置有关，又关注收入分配，服务于公平和效率两个目标。不仅如此，税收调节还是宏观经济稳定与发展不可缺少的前提和手段。因此，二者完全可以统一于从微观到宏观的不同经济层次之中。
（3）现实地看，税收中性也内含着一定的税收调节因素，这是因为完全纯粹的税收中性几乎是不存在的。