在连锁经营活动中，各门店和其他基层单位之间及与总部之间，时刻都发生着各种不同类型的经济业务往来。由于总部和各个基层单位都是不同的会计主体，因此不仅要在这种经济往来关系中明确总部和各个基层单位的具体核算内容，明确不同单位的不同核算范围，而且还要准确反映企业资产、负债、收入、费用等要素在企业内部转移和流动的全过程，反映各个基层单位和总部所应享有的经济利益和承担的经济责任，因此要在连锁企业内部设置往来账户。通过组织内部往来的核算，不仅使连锁企业形成一个统一完整的经济实体，而且能准确反映这一经济实体中各个不同部门和单位的经济情况。在会计核算上要通过设置往来账户来实现核算和管理，具体包括“总部往来”和“基层往来”两个账户。

（一）“总部往来”账户

为了反映各门店、基层单位与总部之间的业务往来，基层单位应设置“总部往来”账户，该账户的贷方核算总部拨给基层单位的资金，具体包括：收到总部拨来的商品，收到总部拨来的现金（银行存款），收到总部拨来的固定资产和其他资产，通过总部从其他门店或者其他基层单位调入的商品资金、固定资产或者其他资产，总部代门店支付的各种费用等。该账户的借方核算基层单位退还或者转给总部的资金，具体包括：向总部退回商品或者向其他门店调拨商品，送交总部的营业款，总部从本单位调出的固定资产和其他资产，通过总部调拨给其他门店或者其他基层单位的商品资金、固定资产或者其他资产等。

“总部往来”账户是具有双重属性的账户，既可以将其看成是结算账户，也可以看成是所有者权益账户。当其作为结算账户时，该账户的借方余额相当于门店对总部的债权；如果余额在贷方，则相当于是对总部的债务。当其作为所有者权益账户时，该账户期末借方余额，表示门店对总部的投资或门店在总部所享有的权益；如果期末余额在贷方，则表示总部在门店的投资或者总部在门店的权益。

（二）“基层往来”账户

连锁经营企业总部为了反映与各门店及其他基层单位之间的业务往来，需要设置“基层往来”账户。该账户借方核算总部拨付给基层单位的资金，具体包括：拨付给门店的商品，拨付给门店和其他基层单位的现金（银行存款），拨付给门店和其他基层单位的固定资产和其他资产，代门店和其他基层单位支付的各种费用等。该账户贷方核算总部从基层单位收回的资金，具体包括：各门店交来的销售营业款，门店退回总部的商品，从门店和其他基层单位调回的固定资产和其他资产等。

（三）“总部往来”和“基层往来”两个账户的关系

基层单位设置的“总部往来”账户和总部财务部门设置的“基层往来”账户所记录的内容完全相同，只是记账的方向相反，所以二者之间存在互相对应的关系。总部财务部门的“基层往来”账户统驭基层单位的“总部往来”账户；总部财务部门通过“基层往来”账户控制总部与各个基层单位之间、基层单位与基层单位之间的资金往来关系。通过这两个账户的设置，明确了总部和各个基层单位之间的经济责任。由于两个账户所记载的内容是完全一致的，所以总部在汇总编制企业会计报表时，应当将这两个账户的余额予以抵消，以免重复计算。