专用基金收入是指财政总预算会计管理的各项具有专门用途的资金收入，如粮食风险基金收入等。各级财政总预算会计可按规定用本级预算支出设置或从上级财政部门拨入等途径取得专用基金，并设置有关科目进行核算。

专用基金收入与政府性基金预算收入在管理要求上的相同之处是它们都需要专款专用，不能随意改变用途；它们也都需要做到先收后支、量入为出。不同的是，政府性基金预算收入是财政部门按规定收取的纳入预算管理的资金收入，而专用基金收入是财政部门按规定设置或取得的在政府性基金预算收入之外单独管理的资金收入；政府性基金预算收入需要缴入国库，而专用基金收入则要求开立专户。

为了核算专用基金收入业务，财政总预算会计应设置“专用基金收入”总账科目。该科目贷方登记从上级财政部门或通过本级预算支出安排的取得数；借方登记专用基金收入的退回数；年终借方登记将贷方余额全部转入“专用基金结余”科目的数额。该科目平时余额在贷方，反映财政部门当年专用基金收入累计数，年终结转后，该科目无余额。专用基金收入以财政总预算会计实际收到数额为准。

【例6－13】

某市财政局收到从上级财政部门取得专用基金收入600 000元。该财政局应编制如下会计分录：

借：其他财政存款 600 000

贷：专用基金收入 600 000

【例6－14】某市财政局从一般公共本级预算支出安排取得专用基金收入400 000元。该财政局应编制如下会计分录：

借：其他财政存款 400 000

贷：专用基金收入 400 000

借：一般公共预算本级支出 400 000

贷：国库存款 400 000

【例6－15】年终，某市财政局将本年“专用基金收入”科目贷方余额200 000元转入“专用基金结余”科目。该财政局应编制如下会计分录：

借：专用基金收入 200 000

贷：专用基金结余 200 000