（1）盲目开展。当企业不断发展时，为有效提升管理水平，很多企业急于开展全面预算管理，却并未做好基础工作。有些企业甚至只是印发了一系列文件，就“宣称”全面预算管理工作开始了。这很容易导致全面预算管理效果不佳，甚至出现为了预算而预算的情况。

（2）和发展战略脱节。企业开展全面预算管理时，经常只注重短期经营活动，而忽略了长远发展，这就容易造成企业短期目标和发展战略之间的矛盾。很多预算管理内容只围绕短期目标制订，虽然能在短期内取得一定效果，但从长远角度来看，无法保证企业的可持续发展。

（3）绩效体系不完善。绩效，是企业全面预算管理的重要组成部分。企业需要在绩效体系支撑下对部门和员工的业绩进行考核，形成全面判断，做到赏罚分明，这样才能真正实现全面预算管理的既定目标。不少企业在开展全面预算管理时，由于权、责、利关系模糊，预算管控效果无法得到有效实现，也很难为全面预算管理提供评价指标。这不仅会导致绩效评价不公平，也会让企业内部管理效果变得不尽如人意。

（4）缺乏组织保障。企业在开展全面预算管理的过程中，由于未能提前建立完备的管理制度体系，很容易出现将全面预算管理与财务预算管理相提并论的情况。某些企业管理者甚至直接任命财务部门预算人员为全面预算负责人，这不仅导致预算管理的科学性受到影响，也使预算管理缺乏可操作性。

（5）管理落实不到位。在全面预算管理开展过程中，不少企业未能认清预算编制与预算执行的差异，将预算管理工作也归到财务部门工作范畴，导致预算管理工作无法有效落实。还有一些企业在全面预算管理开展过程中，只注重编制预算计划，却忽略了对季度、月度预算执行报告的分析和控制，这也会在一定程度上造成全面预算管理的效率下降，从而影响企业整个战略计划的实施。